Der Verein führt von der 2. Liga bis hin zu den Junioren und Kinderfussball sowie Frauenfussball 24 Mannschaften mit über 300 Aktiven, Juniorinnen und Junioren.
Die Nachwuchsabteilung des FC Concordia wird vom SFV mit dem höchsten Gütesiegel, dem Label 1, bewertet. Im Nachwuchs-Spitzenfussball besteht eine enge Zusammenarbeit mit dem FC Basel. Gemeinsame Strukturen und Trainings ermöglichen breite Grundlagen für die Betreuung und Förderung der Sportklassenschüler und der Jugendlichen im Sportförderungsprogramm.
Der FC Concordia hat seit jeher die Integration Jugendlicher aus anderen Kulturen gefördert und leistet so einen bedeutenden sozialen Beitrag in der Region.